Réunie le 24 mai, la Commission de Discipline de la LFP a pris la décision de sanctionner Rafael d'un match de suspension.
Il ne disputera pas le premier match de la saison 2018-2019 avec l'Olympique lyonnais. En effet, comme l'a décidé la Commissoion de Discipline de la LFP, Rafael écope d'un match ferme de suspension suite à un troisième avertissement dans une période incluant 10 rencontres de compétition officielle (Ligue 1 Conforama, Coupe de la Ligue, Coupe de France). Il a effectivement reçu trois cartons jaunes en l'espace de 9 matches : le 18/03 à Marseille, le 20/04 à Dijon et lors du dernière journée de Championnat, contre Nice (19/05). La sanction prend effet à partir du mardi 29 mai 2018.